Pendidikan Administrasi Perkantoran, sebelumnya merupakan salah satu program studi dalam jurusan Pendidikan Dunia Usaha (PDU) yang berubah menjadi Jurusan Pendidikan Ekonomi (FE) di lingkungan Fakultas Ekonomi dan Ilmu Sosial Universitas Negeri Makassar (FEIS-UNM). Setelah terjadi pemekaran (tahun 2007) FEIS menjadi dua Fakultas yaitu Fakultas Ilmu Sosial (FIS) dan Fakultas Ekonomi (FE). Berdasar pada azas keseimbangan, maka Jurusan PDU (Pendidikan Ekonomi – PE) terbagi menjadi dua, dimana Jurusan Manajemen, Prodi Pendidikan Koperasi dan Prodi Pendidikan Akuntansi tergabung dalam Fakultas Ekonomi. Sedangkan Prodi Pendidikan Administrasi Perkantoran tetap di berada dalam lingkup Fakultas Ilmu Sosial bersama dengan Jurusan PPKN, dan Pendidikan Sejarah. Atas dasar pemisahan ini, maka pengelolaan Prodi Pendidikan Administrasi Perkantoran disamakan statusnya dengan pengelolaan Jurusan sehingga pengelola prodi terdiri dari ketua prodi.
Prodi Pendidikan Administrasi Perkantoran termasuk dalam struktur organisasi FIS yang terdiri atas Dekan, Wakil Dekan bidang akademik (WD I), Wakil Dekan Bidang Administrasi Umum (WD II), Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan (WD III), dan Koordinator Perencanaan, Pengembangan dan Kerjasama , serta Ketua Jurusan, Sekretaris Jurusan, Ketua Laboratorium, dan Ketua Program Studi. Prodi Pendidikan Administrasi Perkantoran dikelola oleh Ketua Program Studi (Kaprodi), Kaprodi bertugas membantu dekan dalam penyelenggaraan Tri Dharma Perguruan Tinggi dan membina hubungan dengan lembaga lain baik internal maupun eksternal. Mengkoordinir pelaksanaan administrasi akademik, penyusunan dan peninjauan kurikulum, proses perkuliahan, kegiatan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat, serta kegiatan kemahasiswaan.